Na Samotraki se nalazi Svetilište Velikih bogova, jedno od najznačajnijih antičkih svetilišta Egeja, poznato po tajanstvenim obredima i misterijama koje su obećavale zaštitu, naročito putnicima i pomorcima. Na njegovoj najvišoj tački bila je postavljena Nika, boginja pobede. Danas se njena statua nalazi u Luvru.
Fonjas je jedna od najpoznatijih reka na Samotraki, koja se spušta sa planine Fengari kroz divlju i stenovitu klisuru. Duž njenog toka nalaze se brojni vodopadi i prirodni bazeni, poznati kao vathres. Njeno ime, koje na grčkom znači „ubica“, nije slučajno – strme litice, klizave stene i snažne bujice kroz istoriju su odneli i ljudske živote.
